金针菇由营养器官(菌丝体)和繁殖器官(子实体)两大部分组成。

　　(1)菌丝体由孢子萌发而成， 在人工培养条件下，菌丝通常呈白色绒毛状，有横隔和分枝，很多菌丝聚集在一起便成菌丝体。和其它食用菌不同的是，菌丝长到一定阶段会形成大量的单细胞粉孢子(也叫分生孢子)，在适宜的条件下可萌发成单核菌丝或双核菌丝。有人在试验中发现，金针菇菌丝阶段的粉孢子多少与金针菇的质量有关，粉孢子多的菌株质量都差，菌柄基部颜色较深。

　　(2)子实体主要功能是产生孢子，繁殖后代。金针菇的子实体由菌盖、菌褶、菌柄三部分组成，多数成束生长，肉质柔软有弹性。菌盖呈球形或呈扁半球形，直径1.5～7厘米，幼时球形，逐渐平展，过分成熟时边缘皱折向上翻卷。菌盖表面有胶质薄层，湿时有粘性，色黄白到黄褐，菌肉白色，中央厚，边缘薄，菌褶白色或象牙色，较稀疏，长短不一，与菌柄离生或弯生。菌柄中央生，中空圆柱状，稍弯曲，长3.5～15厘米，直径0.3～1.5厘米，菌柄基部相连，上部呈肉质(亦有书说菌柄为纤维质、胶质)，下部为革质，表面密生黑褐色短绒毛，担孢子生于菌褶子实层上，孢子圆柱形，无色。

　　生长发育条件

　　(1)营养

　　金针菇是腐生真菌，只能通过菌丝从现成的培养料中吸收营养物质。在栽培中，培养料的选择对产量和质量有很大的影响。金针菇菌丝生长和子实体发育所需的营养包括氮素营养、糖类营养、矿质营养和少量的维生素类营养。氮素营养是金针菇合成蛋白质和核酸的原料，在栽培配料中麦麸、大豆粉等原料含有大量的氮素养料。糖类主要指碳水化合物，它是金针菇生命活动的能源和构成细胞的主要成分。金针菇可利用培养料中的淀粉、纤维素、木质素。在菌丝生长阶段，培养料的碳、氮比以20∶1为好，子实体生长阶段以30～40∶1为好。金针菇需要的矿质元素有磷、钾、钙、镁等，所以在培养中应加入一定量的磷酸二氢钾、硫酸钙、硫酸镁等矿质养料。金针菇也需要少量的维生素类物质，由于在培养料中如麦麸、豆粉中含有的维生素量基本可以满足金针菇生活需要，因而在栽培中常不再添加维生素类物质。

　　(2)温度

　　金针菇属低温结实性真菌，菌丝体在5～32℃范围内均能生长，但最适温度为22～25℃，菌丝较耐低温，但对高温抵抗力较弱，在34℃以上停止生长，甚至死亡。子实体分化在3～18℃的范围内进行，但形成的最适温度为8～10℃。低温下金针菇生长旺盛，温度偏高，柄细长，盖小。同时，金针菇在昼夜温差大时可刺激子实体原基发生。

　　(3)水分

　　菌丝生长阶段，培养料的含水量要求在65%～70%，低于60%菌丝生长不良，高于70%培养料中氧气减少，影响菌丝正常生长。子实体原基形成阶段，要求环境中空气相对湿度在85%左右。子实体生长阶段，空气相对湿度保持在90%左右为宜。湿度低子实体不能充分生长，湿度过高，容易发生病虫害。

　　(4)空气

　　金针菇为好气性真菌，在代谢过程中需不断吸收新鲜空气。菌丝生长阶段，微量通风即可满足菌丝生长需要。在子实体形成期则要消耗大量的氧气，特别是大量栽培时，当空气中二氧化碳浓度的积累量超过0.6%时，子实体的形成和菌盖的发育就会受到抑制。

　　(5)光线

　　菌丝和子实体在完全黑暗的条件下均能生长，但子实体在完全黑暗的条件下，菌盖生长慢而小，多形成畸形菇，微弱的散射光可刺激菌盖生长，过强的光线会使菌柄生长受到抑制。以食菌柄为主的金针菇，在其培养过程中，可加纸筒遮光，促使菌柄伸长。

　　(6)酸碱度

　　金针菇要求偏酸性环境，菌丝在pH 3～8.4范围内均能生长，但最适pH值为4～7，子实体形成期的最适pH值为5～6。